穀風

Atom の Package 開発時には、都度 Package をリロードして変更を反映させる必要があります。
調べてみたところ、特定の Package をリロードするのではなく、Atom 自身を再起動させるという方針のようです。

参考
Package: Modifying Text の "Reload the Package"

コマンドパレットからリロードする

View → Toggle Command Palette

コマンドパレットから Window:Reload を実行

ショートカットで効率良く

開発時は頻繁にリロードするので、ショートカット Ctrl-Alt-R を使うのが現実的でしょう。
Atom のショートカットは Atom のバージョンやOS、設定などで異なる場合があるので、コマンドパレットからショートカットを確認してから使用してください。

dependencies を更新した場合

package.json の dependencies を更新した場合、Atom を再起動しただけでは反映されません。 コマンドパレットを開き、Update Package Dependencies: Update を実行しましょう。

参考
npm - Installing package dependencies in Atom - Stack Overflow